ישיבת "ברכת-יוסף" – ישיבה גבוהה-הסדר, שתלמידיה משלבים לימוד תורה יחד עם שירות צבאי. הישיבה נוסדה בחודש אלול תשנ"ה (כהמשך לבית המדרש לתורה והוראה, ששמש כמכון להכשרת אברכים לתפקידי הוראה ורבנות). בישיבה לומדים כיום 110 תלמידים. 25 מתוכם משרתים כעת בצה"ל, רובם ביחידות קרביות. התלמידים מתחילים לאחר לימודי התיכון מסלול של 5 עד 7 שנים, הכולל בתוכו שירות צבאי של 18 חודשים ואפשרות לימודים לקראת תעודת הוראה. בישיבה תוכנית לימודים תורנית מגוונת, המועברת ע"י רבנים ותלמידי חכמים, בראשות הרב אליקים לבנון שליט"א ראש הישיבה ורב הישוב.
מכללת אלון מורה הוקמה כהמשך טבעי לצמיחת מוסדות הישוב, מתוך הרצון להקים מוסד חינוכי ערכי שיתרום ללומדות בו ויהיה דגם ותרומה למערכת החינוך בארץ. במכללה מוענק יחס אישי לכל תלמידה ותלמידה, ומושם דגש על תוכנית רוחנית מקיפה ומעמיקה בנושאי יהדות, אהבת הארץ וידיעתה, יחד עם הכנה לחיי משפחה, כנושא בעל חשיבות רבה, והכל כמובן, בשילוב מסלול אקדמי מלא ברמה גבוהה. הלימוד משולב בפעילות והווי חברתי, בסיורים מודרכים ברחבי הארץ ובפעילות הדרכה של התלמידות עם נוער בשכבות מצוקה.
מכון חלקת השדה – המכון השוכן באלון מורה עוסק בחינוך בלתי פורמלי בשלושה אפיקים: סמינריונים המועברים ע"י מדריכים מיומנים לבני הנוער מישיבות, מאולפנות ומבתי ספר בכל רחבי הארץ בנושאים מגוונים ואקטואליים שהנוער עסוק בהם. טיולים באזור השומרון ובכל רחבי הארץ במסלולי טבע ונוף יפיפיים תוך כדי מפגש עם המקורות וערכים תורניים ישראליים, בלי לשכוח, כמובן, את החוויות המיוחדות בטיול, באטרקציות טבעיות כמו מעיינות, נחלים, מערות וכדומה, או במפגשים עם אנשים מעניינים ותרבויות מיוחדות. ארוח בישוב למשפחות ולקבוצות (עד 200 איש) מכל רחבי הארץ, בשבתות ובימות החול, בחדרים נוחים וממוזגים באוירה המיוחדת של הישוב אלון מורה ותושביו.
תלמוד תורה נחלת צבי, בי"ס ממ"ד לבנים – "לחנך באהבה, לגדול באמונה" זו סיסמתו של בית הספר האזורי של גב ההר ולאורה הוא פועל ומחנך, תוך מתן דגש על לימודי הקודש והאמונה, יחד עם לימודי החול ברמה גבוהה ומקצועית. בבית הספר קיים פרויקט מיוחד של "בנק שינון", שבו התלמידים, בזמנם החופשי, משננים בעל פה משניות, פסוקים, תפילות וכל קטע שראוי לזוכרו. התוכנית נחלה הצלחה רבה ותלמידים רבים נטלו בה חלק וחלקם אף זכו בפרסים על עמלם.
בי"ס נחלת צבי לבנות – ביה"ס התורני האזורי של גב ההר, לבנות בכיתות א-ח. ביה"ס נחלת צבי בנות הוא בי"ס סביבתי – "בי"ס ירוק". בית הספר נענה לפרויקט ארצי שנקרא "קול קורא למען הסביבה", והוא מרים פרויקט מיחזור בביה"ס עם הפנים לקהילה. המטרה היא להקים מחסן לחומרי מיחזור שישרת את כל ישובי גב ההר. ביה"ס זוכה לתשבחות על הפעילות שנעשתה עד עכשיו, וזכה גם לתקציב של פרויקט דו-שנתי.
יש בישוב מעון מצוין של המועצה האזורית לתינוקות ולילדים עד גיל 3. נוסף על כך, למעוניינים, ישנן בישוב כמה נשים המטפלות באופן פרטי במספר מצומם יותר של ילדים. יש גנים פרטיים לפעוטות, וגן לגילאי 3 של המועצה האזורית. יש שני גני-ילדים: גן חובה לגילאי 4-5, וגן טרום חובה. גני הילדים פועלים בשיטת "הגן הזורם" שבה הילדים עוברים תהליכי התנסות, למידה והעשרה במגוון פינות לימוד ויצירה.
בית-ספר תיכון תורני "אל-ארצי" – לכ- 90 נערים עולים ממדינות חבר העמים. הוקם בשנת תשנ"ה, על מנת לאפשר מסגרת חינוכית לנערים מכל רחבי הארץ אשר לא יכלו להשתלב במערכות החינוך השונות בישראל עקב קשיי שפה ומנטליות ומצאו עצמם ללא מסגרת חינוכית מתאימה. בית הספר מתמקד בהקניית השכלה כללית לתלמידים והכנתם לבגרות בשילוב לימודים תורניים להכרת תורת ישראל, מורשת העם וערכיו. בנוסף נהנים התלמידים מפעילות חברתית ותורנית מגוונת המועברת על ידי צוות ההדרכה והחונכים במקום. בתום הלימודים מקבלים התלמידים תעודת בגרות מלאה וממשיכים בשירות סדיר בצה"ל.
מועדון קשישים – אפילו באלון מורה הצעירה בת ה-23, יש מועדון עבור התושבים הקשישים בישוב. זהו מבנה מיוחד שנבנה ע"י מפעל הפיס ומשמש כמקום לימוד ופעילות יצירתית עבורם ועבור הישוב כולו.
בית חב"ד – בישוב פועל בית חב"ד שבראשו עומד הרב יהודה רובין, ומשמש כמרכז תורני אזורי לישובי גב ההר. כבכל בית חב"ד, גם באלון מורה ישנה פעילות תורנית ענפה למבוגרים ולילדים, בשבתות ולקראת החגים, ומדי שנה מתארחת בישוב קבוצה גדולה של אנשי חב"ד מכל רחבי הארץ.
